آقاخان را باید یکی از چهره های تاثیرگذار در تفکر تاریخی دوره قاجار دانست. آقاخان در مدرسه ژزوئیت های فرانسه زبان فرانسوی آموخته بود و هنگامی که بر اثر اختلاف با ظل السلطان مجبور به ترک ایران شد در استانبول زبان انگلیسی خود را تکمیل کرد. همین امر و همچنین نهضت ترجمه ای که در ایران شکل گرفته بود، سبب شد تا او در خصوص مکتب های اجتماعی ، سیاسی و فلسفی غربی نیز اطلاعات و آشنایی های به دست آورد و از افکار دانشمندان یونانی تا عصر خود و افکار برخی از فلاسفه و نویسندگان رهبران و شماری از رجال سیاسی سده ۱۸ و ۱۹ اروپا اطلاعاتی کسب کرده باشد.

لذا به سبب تسلط بر زبان های خارجی و استفاده از روش های تاریخنگاری غرب مورخان ایرانی را مورد نقد قرار می دهد زیرا او معتقد بود، آنها «غالباً مقصودشان بیان حقیقت و کشف واقع و نفس الامر و ... و دیگر چیزهایی که وظیفه و شان مورخان نامی است، نبوده بلکه غرض شخصی یا به جهت اجرای هوای نفسانی از روی مداهنه و تملق یا در جهت اجبار و تضیق، سفاهت های سلاطین و خیانت های وزرا و حکام را به عبارات مطنطن ستوده ایشان را با عمال شنیع تشویق نموده اند.» به این ترتیب به لحاظ سوری و ماهوی تاریخنگاری سنتی را نقد می کند زیرا که از وظیفه و شان خود غافل شده اند.

کرمانی، تاریخنگاری ایرانی را به باد انتقاد می گیرد زیرا به عقیده او تا آن زمان «یک تاریخ صحیح اصلی که احوال قومی را به درستی بیان کند و آداب و اخلاق و اوضاع گذشتگان را در نظراتشان مجسم سازد و اسباب ترقی و تنزل اقوام را در اعصار مختلفه بیان نماید در مشرق خاصه در ایران دیده و نوشته نشده» است. وی تاریخ نگاری سنتی ناسخ التواریخ را مورد انتقاد قرار می دهد و می نویسد: «صاحب ناسخ التواریخ دوازده جلد کتاب بزرگ در تاریخ ایران و اسلام نگاشته که پر است از افسون های زنانه و مبالغه های بی مزده و خرافات پروری.» وی ضمن مقایسه فن تاریخ نویسی در آسیا با اروپا، فن تاریخ نویسی در آسیا را «افسانه و اسمار» دانسته در حالی که در غرب «در فهرست وقایع ثبت بود.»

وی به تحول تاریخ نویسی در غرب اشاره می کند و می نویسد: «اهالی اروپا از دیرگاهی، برای این علم قانونی جسته اند که آن را حکمت تاریخی می نامند و از وی نتیجه ها برگرفته و تمام سلسله وقایع را مطیع یک قانون محقق می سازند و در این فن چنان عوالم وسیله طی کرده اند و اصول رشد و انحطاط عمر دولت ها را از روی تحقیقات دقیق معین دانسته که هر شخص پس از خواندن کتب تواریخ می تواند بفهمد که فلان دولت به چه سبب ظهور کرد و به چه سبب زنده بود.»

همین آشنایی آقاخان با تاریخ نویسی غرب که هم به واسطه آشنایی او با زبان های دیگر و هم به دلیل ترجمه متون صورت گرفته بود، سبب شد تا وی و با تشویق سیدجمال الدین اسدآبادی به نوشتن تاریخ ایران به شیوه علمی مبادرت ورزد. لذا در نگارش کتاب خود تاریخ نگاری را از ثبت وقایع و سرگذشت ها به بررسی تحولات اجتماعی و جریان های تاریخی تبدیل کرد و از روش استدلال و استقرا استفاده کرد و رابطه علت و معلولی را در تحلیل وقایع درنظر گرفت. آقاخان در تاریخ نگاری خود بر اصول «علم الاجتماع، فلسفه مدنیت و حکمت تاریخیه» تکیه داشت و بنیادهای سیاسی و پدیده های اجتماعی را در تحول تاریخ ایران مورد بررسی قرار داد.

این مورخ به خوبی پی به فایده علم تاریخ برده بود؛ چرا که به عقیده او «تاریخ نه همان شرح حال سلطان و جنگ و جدال و رجز ابطال و شجاعان است.» بلکه «تاریخ بایست حاوی حدود مملکت و اخلاق و آیین ملت و کیفیات هر ایالت و قانون و روش سلطنت و معاهدات دولت با دولت دیگر و معارفه رجال قوم و ملت و شرح معیشت و ثروت و تجارت رعیت و ترقی و انحطاط مدنیت در هر عصری و اسباب انقراض یک قوم و پیشرفت و ترقیات هر فرقه باشد. حتی ماوی و مرتع ایلات با جغرافیای بلاد را به طور مشروح ضبط نماید.»

آقاخان کرمانی نه تنها فن تاریخ نویسی خود را از راه تاریخ نویسی سنتی که وجود داشت، جدا کرد بلکه شاگرد او ناظم الاسلام کرمانی نیز به همان شیوه تاریخ بیداری ایرانیان را درباره تاریخ مشروطه نگاشت.

آدمیت او را به چنان تعابیری توصیف کرده که نشان دهنده وزن اندیشگی اوست: «بزرگترین اندیشه‌گر ناسیونالیسم... منادی اخذ دانش و بنیادهای مدنی اروپایی، نقاد استعمارگری، هاتف مذهب انسان‌دوستی... متفکر انقلابی پیش از مشروطیت... بنیانگذار فلسفه تاریخ ایران... از پیشروان حکمت جدید در ایران... شاعر نامدار ملی، نقاد سنت‌های ادبی، نماینده نوخواهی ادبی.»