موضوع رمان علاوه بر توجه به سنت و مدرنیته و تقابل این دو در برابر هم، توجه به موضوع زندگی برخی مهاجرین دارد که دغدغه حفظ هویت و دین و اعتقادات خود را دارند. همچنین رمان در این ارتباط سعی دارد تا حدودی به فلسفه و عرفان و سیاست نیز اشاراتی داشته باشد. موضوع مهم دیگر رمان، مشکل تروریست شناختن مهاجرین مسلمان و مسائل مربوط به تطبیق موقعیت دینی آن‌ها با دیگران است.

خرابات مغان با وجود اینکه در ژانر واقع‌گرای مدرن قرار دارد، از بسیاری قواعد و چارچوب‌ها، و عناصرداستانی لازمه رمان‌های کلاسیک برخوردار است. در واقع – به‌جز پایان‌بندی - از ساختار کلی و ساختار پیرنگ قوی بهره برده است. گرچه یکی ازگره‌های اصلی ِشخصیت اول -که نداشتن شغل است - در ابتدای رمان یک‌بار باز می‌شود و او مشغول کار می‌شود و سال‌ها با همان شرایط کار می‌کند، به‌طوری‌که دیگر گره چندانی برای شخصیت اول باقی نمی‌ماند.

اما در واقع همین گره اصلی در بخش‌های بعدی، در کنار گره‌های دیگر او که هویت انسانی، دین و باورهای اوست، با شدت بیشتری ادامه پیدا می‌کند و با سانحه 11 سپتامبر، افزایش پیدا کرده و موجب پدیدآمدن گره‌های دیگر می‌شود. به این ترتیب عناصر پیرنگ روی این گره برای شخصیت اصلی متمرکز می ‌شوند و در پی آن کشمکش و تقابل و اوج و فرود و پایان‌بندی صورت می‌گیرد.